透鏡是生物顯微鏡中的核心部件，并且它直接影響到圖像質量的結果。透鏡經常出現的問題有：起霧，防霉，破損，脫膠，表面涂層損壞或丟失等。

1、起霧是指在鏡頭表面有一層水霧狀，分油性、水性和油水混合三種類型。它們是由于油脂污染，揮發到透鏡表面上。或者由于氣體溫度濕度急劇變化，凝結成微小液滴的透鏡表面上形成。透鏡出現生霉或起霧的現象，視場就會變得模糊不清，分辨率變低。它們的形成許多因素有關。為了避免出現以上現象，生物顯微鏡應放置在干燥、通風的地方。使用后應立即將鏡頭放入干燥器內，并將光學系統密封好。

2、為了提高光學零件表面的化學性質，鍍上一層不同性質的薄膜，平時在維護、擦拭鏡頭時，如擦布不潔凈時，就易擦傷鍍膜。

3、產生脫膠的原因有：外界高溫劇烈變化，膠層與玻璃膨脹系數不一致，導致脫膠；在運輸和使用過程中受到很大沖擊；或有機液體浸入膠層使其溶解，也容易引起脫膠。

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