倒置熒光顯微鏡可以在培養瓶或培養皿內進行顯微觀察，可以觀察不經染色的透明活體，落射熒光顯微適用于熒光顯微術。該儀器特別適用于對活體細胞和組織、流質、沉淀物等進行顯微研究，是生物學，細胞學，腫瘤學，遺傳學等研究工作的理想儀器。可供科研、高校、醫療、防疫和農牧等部門使用。倒置熒光顯微鏡是由倒置顯微鏡和落射熒光模塊組成。儀器配有長工作距離平場消色差物鏡、大視野目鏡、雙目觀察，倒置顯微鏡還配有特長或超長工作距離聚光鏡，同時配有相襯裝置及長工作距離平場相襯物鏡。

倒置熒光顯微鏡由熒光附件與倒置生物顯微鏡有機結合構成的，主要用于細胞等活體組織的熒光、相差觀察。倒置顯微鏡是為了適應生物學、醫學等領域中的組織培養、細胞離體培養、浮游生物、環境保護、食品檢驗等顯微觀察。由于這些活體被檢物體均放置在培養皿(或培養瓶)中，這樣就要求倒置顯微鏡的物鏡和聚光鏡的工作距離很長，能直接對培養皿中的被檢物體進行顯微觀察和研究。因此，物鏡、聚光鏡和光源的位置都顛倒過來，故稱為“倒置顯微鏡”。倒置顯微鏡多用于無色透明的活體觀察，在倒置顯微鏡的基礎上添加一套熒光附件：激光激發塊，熒光光源，熒光照明器，激發塊切換裝置，即可進行倒置熒光觀察。

倒置熒光顯微鏡是近代發展起來的新式熒光顯微鏡，特點是激發光從物鏡向下落射到標本表面，即用同一物鏡作為照明聚光器和收集熒光的物鏡。光路中需加上一個雙色束分離器，它與光軸成45°角，激發光被反射到物鏡中，并聚集在樣品上，樣品所產生的熒光以及由物鏡透鏡表面、蓋玻片表面反射的激發光同時進入物鏡，返回到雙色束分離器，使激發光和熒光分開，殘余激發光再被阻斷濾片吸收。如換用不同的激發濾片/雙色束分離器/阻斷濾片的組合插塊，可滿足不同熒光反應產物的需要。此種熒光顯微鏡的優點是視野照明均勻，成像清晰，放大倍數愈大熒光愈強。