超分辨顯微鏡大致可以分為兩大類。

一類是“真正的”超分辨技術，這種技術捕捉倏逝波中包含的信息并直接給出超分辨圖像。另一類是“功能性”超分辨技術，這種技術利用智能實驗技術和對被成像樣本的已知限制來重建和產生確定性（利用非線性熒光團的響應）或隨機（利用熒光團的復雜時間行為）超分辨圖像。

此外，現有的超分辨顯微鏡還有一些具體的分類，例如：

近場掃描光學顯微鏡（NSOM）：這種顯微鏡使用一個納米級的針尖作為探針，逐點掃描圖像。探針和樣品間的距離會控制在10nm左右，這樣樣品散射出來的近場光部分能被探針收集到。這種顯微鏡分辨率高，能做熒光實驗，但掃描速度慢，不能做三維成像。

受激發射損耗顯微鏡（STED）：這種顯微鏡使用兩束光，其中一束作為激發光把除中心區域外的部分激發到激發態，使得這些區域不發出熒光。另一束激光作為探測光，使得中心區域發生受激輻射發出熒光。由于這個中心區域只有幾十納米，所以分辨率也能達到幾十納米。這種技術可以應用到生物領域，能做三維成像，主要限制是需要添加熒光染料。

如需了解更多關于超分辨顯微鏡的分類，建議查閱相關資料或咨詢專業人士。