生物顯微鏡的光學鏡片和機器零部件很怕發潮，保護生物顯微鏡箱子內的干燥就成為重中之重。為解決這個問題，可以在箱子中放1~2個硅膠，這可以起到干燥劑的好處。至于防塵，則是需求從小處著手，尤為是靈敏的光學部件，要經常擦拭生物顯微鏡。防腐蝕很簡單，注意不要將生物顯微鏡和具有腐蝕性的化學試劑放在一起就行。而防熱則需求使用者注意將生物顯微鏡安排在陰涼的地方，如果同時具備干燥、無塵和無腐蝕的狀況更好。

至今為止，生物顯微鏡電鏡原位雜交作業是在束裝樣品上進行的，生物顯微鏡此法適合于研究染色體上的特定核苷酸序列。生物顯微鏡以培養細胞為例，著重介紹一下這種樣品的制備過程。

樣品及染液滴在石蠟板上:若有多種樣品染多種不同的染液。

用載網(有支持膜、碳膜)撈起漂泊的小片，吸去多余的染液，室溫要干燥。一張云母片的標本可制備5-10個載網。

在蓋玻片上滴加香柏油時要適量，使用完畢后也要注意用擦鏡紙沾取二甲苯擦去香柏油，后面再用潔凈的擦鏡紙擦去多余的二甲苯。