超分辨顯微鏡和共聚焦顯微鏡在多個方面存在顯著的區別。

S先，從分辨率的角度來看，超分辨顯微鏡能夠突破傳統光學顯微鏡的分辨率極限，實現更高的空間分辨率。例如，一些超分辨技術如N-STORM等，可以實現高達20nm的圖像分辨率，而傳統光學顯微鏡的分辨率受衍射限制通常只能達到200nm左右。而共聚焦顯微鏡雖然采用了特殊的技術來提高分辨率，但其分辨率仍然受到一定限制，無法達到超分辨顯微鏡的水平。

其次，在成像速度方面，超分辨顯微鏡通常具有較高的成像速度，例如尼康的新型高速結構化照明系統可以實現高達15fps的采集速度，能夠捕捉活細胞和細胞內動態的超分辨率時間序列成像。而共聚焦顯微鏡的成像速度則相對較慢。

此外，超分辨顯微鏡還具有三維重構能力，不僅可以在二維平面上實現高分辨率成像，還可以進行三維信息的重構。而共聚焦顯微鏡雖然也可以進行三維成像，但其三維分辨率相對較低。

在功能方面，超分辨顯微鏡通常配備有多種成像模式和附件，可以滿足不同樣品和實驗需求。例如，可以配備不同波長的激光器、高靈敏度探測器、活細胞培養裝置等，以擴展顯微鏡的應用范圍。而共聚焦顯微鏡則主要依賴于激光共聚焦技術來實現高分辨率成像。

在操作簡便性方面，隨著技術的不斷發展，超分辨顯微鏡的操作也越來越簡便。一些G端的超分辨顯微鏡配備了專業的軟件和控制系統，可以實現自動化成像和數據分析，大大提高了實驗效率和準確性。而共聚焦顯微鏡的操作則相對復雜，需要較高的技術水平和經驗。

綜上所述，超分辨顯微鏡和共聚焦顯微鏡在分辨率、成像速度、三維重構能力、功能以及操作簡便性等方面都存在顯著的區別。超分辨顯微鏡以其更高的分辨率和更多的功能在生物學等領域的研究中發揮著越來越重要的作用。